Ο Αιμίλιος Βουγιουκλάκης είναι Νομικός, απόφοιτος της Νομικής Σχολής του Πανεπιστημίου Λευκωσίας, με κατεύθυνση το Ελληνικό Δίκαιο. Παράλληλα, είναι πτυχιούχος και του τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών, με κατεύθυνση την Ιστορία.
Διαθέτει δύο μεταπτυχιακούς τίτλους από το Πανεπιστήμιο Πειραιά: έναν στην Τοπική και Περιφερειακή Ανάπτυξη και έναν στην Διοίκηση Επιχειρήσεων (MBA) με κατεύθυνση την Διοίκηση Ολικής Ποιότητας. Επιπρόσθετα, είναι υποψήφιος διδάκτωρ του τμήματος «Οργάνωσης Επιχειρήσεων» του Πανεπιστημίου Πειραιώς, έχοντας σημαντικό ερευνητικό έργο, ενώ ομιλεί Αγγλικά και Ιταλικά.
Έχει αναλάβει σε μικρή ηλικία με επιτυχία θέσεις ευθύνης, όπως αυτή του εκπροσώπου τύπου του Υπουργείου Ναυτιλίας, μέλος των τεχνικών κλιμακίων των διαπραγματεύσεων με τρόικα και επιστημονικός συνεργάτης της Βουλής, ενώ έχει θητεύσει και ως Αντιδήμαρχος Γλυφάδας, έχοντας βρεθεί σε δύο εκλογικές αναμετρήσεις (2014, 2019) στην κορυφή της προτίμησης των συμπολιτών του.
Από το 2023 είναι Διοικητής- Πρόεδρος Δ.Σ του Γενικού Νοσοκομείου «Ασκληπιείο» Βούλας, με τη θητεία του να εχει ανανεωθεί από τον Απρίλιο του 2025 μέσω της νέας διαδικασίας του ΑΣΕΠ, που εφαρμόστηκε για πρώτη φορά για την επιλογή διοικήσεων στα δημόσια νοσοκομεία. Η θητεία του έχει επικεντρωθεί στην ενίσχυση και την βελτίωση της λειτουργικότητας του νοσοκομείου με στοχευμένες παρεμβάσεις, όπως η εγκατάσταση ψηφιακών συστημάτων, η οικονομική εξυγίανση με την υλοποίηση διαγωνιστικών διαδικασιών στις προμήθειες, η αξιοποίηση δωρεών και η επιτάχυνση έργων από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων. Επί των ημερών του το νοσοκομείο απέκτησε ένα σύγχρονο Κτίριο Επειγόντων, διπλάσιο από πριν, μια νέα ουρολογική κλινική, ενώ προχώρησε και η πλήρης δημιουργία της πρώτης Παιδοψυχιατρικής Κλινικής στην Νότια και Ανατολική Αττική. Παράλληλα, η εισαγωγή συστήματος διαλογής (triage) στα επείγοντα επέτρεψε τη μείωση του χρόνου αναμονής κατά 70,3% για τους ασθενείς. Σήμερα, με την είσοδο νέων ειδικοτήτων και υποδομών, το νοσοκομείο εξυπηρετεί 34,6% περισσότερους ασθενείς σε σχέση με το παρελθόν.